「いくらで売れるか」と同じくらい重要なのが「いくら手元に残るか」です。会社売却では、どの手法を使い、誰が株式を持っているかによって課される税金が変わり、手取り額が大きく変わります。本記事では、中小企業の経営者がまず押さえておきたい税金の基礎を解説します（具体的な税額は個別事情により異なるため、必ず税理士にご確認ください）。
結論：手法と「誰が売るか」で税金は変わる
会社売却の主な手法は株式譲渡と事業譲渡の2つで、税金のかかり方が大きく異なります。株式譲渡は「株主（個人や持株会社）」に、事業譲渡は「会社」に課税されるのが基本です。
| 観点 | 株式譲渡 | 事業譲渡 |
|---|---|---|
| 課税される人 | 株式を売った株主（個人/法人） | 事業を売った会社 |
| 個人株主の税 | 譲渡所得に対し原則20.315%（所得税・住民税等の合計） | （対象外） |
| 会社の税 | （対象外） | 譲渡益に法人税等 |
| 消費税 | 株式は非課税 | 課税資産部分に消費税が発生 |
個人が株式を売る場合（オーナー経営者の典型）
中小企業のオーナーが自社株式を売る典型では、譲渡益（売却額から取得費・手数料を差し引いた額）に対して、原則として合計20.315%（所得税15%＋復興特別所得税＋住民税5%）が分離課税されます。なお、2025年（令和7年）分以後は、譲渡益を含む基準所得金額が3億3,000万円を超えるような極めて高額なケースでは、「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置」（いわゆるミニマムタックス）により追加の税負担が生じる可能性があります。給与など他の所得と合算されない分離課税である点が特徴です。創業者で取得費がほとんどない場合、売却額の大部分が譲渡益となる点に注意が必要です。
事業譲渡の場合
事業譲渡では、売却益は会社の利益として法人税等の対象になります。さらに、譲渡資産のうち課税資産（在庫・備品・のれん等）には消費税がかかります。会社にお金が残るため、そこから株主が資金を受け取るには配当や清算などさらに別の課税が発生し得ます。手取りベースでは株式譲渡より不利になりやすい一方、買い手にとっては引き継ぐ範囲を選べる利点があります。
手取りを考えるうえでの注意点
- 名義の整理：株式が親族などに分散していると、各人に課税され手取りや手続きが複雑になります。早めの集約が有効な場合があります
- 退職金の活用：オーナーへの役員退職金を組み合わせると、税負担の設計が変わることがあります（要・税理士の試算）
- 事業承継税制は「売却」には使えない：事業承継税制の納税猶予は、親族・従業員への贈与・相続による承継が対象で、対価を受け取る有償のM&A売却は原則対象外です。すでに同制度の適用を受けている株式を第三者へ売却すると、猶予されていた税金の納付が必要になる場合があります（時期や事由により納付範囲は異なります）。M&Aでの税の工夫は、役員退職金の活用や組織再編スキームの設計などになります（いずれも必ず税理士にご確認ください）
まとめ
- 株式譲渡は株主（個人なら原則20.315%）、事業譲渡は会社に課税されるのが基本
- 創業者は取得費が小さく譲渡益が大きくなりやすい
- 名義整理・退職金・特例制度で手取りは変わる。必ず税理士に試算を依頼する
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