会社を売る際、「事業譲渡」と「株式譲渡」のどちらを選ぶかで、かかる税金の種類も負担する主体も大きく変わります。特に事業譲渡は消費税が絡む点で株式譲渡と異なり、資金繰りに直結するため見落とせません。本記事では、事業譲渡と株式譲渡それぞれで誰にどんな税金がかかるのかを、一次情報をもとに整理して解説します。
事業譲渡にかかる税金とは
事業譲渡にかかる税金とは、譲渡益に対して会社が負担する法人税等と、課税資産の譲渡対価にかかる消費税を指します。結論として、株式譲渡では個人株主に譲渡所得税（原則20.315%）がかかるのに対し、事業譲渡では会社自体が納税義務者になる点が最も大きな違いです。スキーム選択で迷っている方は、先に株式譲渡と事業譲渡の違いも参照してください。
たとえば譲渡益（対価から資産の簿価等を差し引いた額）が3,000万円生じた場合、法人の実効税率を原則として約30%とすると、法人税・法人住民税・法人事業税を合わせて概ね900万円前後が会社の負担となります。実際の税額は所得の規模や欠損金の有無で変動するため、個別の試算は税理士への相談が必須です。
株式譲渡との税目比較
どの税金が誰にかかるかを整理すると、次のとおりです。
| 比較項目 | 株式譲渡（個人株主） | 事業譲渡（会社） |
|---|---|---|
| 主な税金 | 譲渡所得税（申告分離課税） | 法人税・法人住民税・法人事業税（法人税等） |
| 税率の目安 | 20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%） | 実効税率で原則として約30%前後（規模・地域により変動） |
| 消費税 | かからない（株式は非課税資産） | 課税資産（建物・機械装置・棚卸資産・のれん等）の対価に10% |
| 不動産取得税・登録免許税 | 原則かからない | 不動産を含む場合に発生（不動産取得税3〜4%、登録免許税は土地の所有権移転登記で本則2.0%・軽減1.5%〔令和11年3月31日まで〕） |
| 納税義務者 | 譲渡した個人株主 | 会社（消費税は買い手が対価に上乗せして負担し、会社が申告納税） |
消費税がかかる資産・かからない資産
事業譲渡では、譲渡する資産を課税資産と非課税資産に分けて対価を区分し、課税資産の部分にのみ消費税10%が発生します。
- 課税資産: 建物・機械装置・車両運搬具などの有形固定資産、特許権などの無形固定資産、棚卸資産、事業譲渡で生じるのれん（営業権）
- 非課税資産: 土地、株式・社債などの有価証券、売掛金・受取手形などの金銭債権
のれんは課税資産に含まれるため、ブランド力や独自ノウハウで超過収益力が大きい事業ほど、消費税額も膨らみやすい点に注意が必要です。
実務での意味
売り手にとって
事業譲渡の対価から法人税等を差し引いた金額が会社に残ります。代表者個人が受け取るには配当や役員退職金として支給するなど別のステップが必要で、そこにも別途課税が生じます（関連: 役員退職金を活用した会社売却の節税）。個人の手取りは会社売却の手取りはいくら？も参照してください。消費税の申告納税は原則として顧問税理士が決算・確定申告にあわせて行います。
買い手にとって
買い手は課税資産の対価に消費税を上乗せして支払いますが、課税事業者であれば仕入税額控除で回収できます。ただし支払いと控除の間にはタイムラグがあるため、契約時点で消費税分の資金手当てを確認しておくことが重要です。不動産を承継する場合は、取得後に不動産取得税・登録免許税の納税も発生します。
まとめ
- 株式譲渡は個人の譲渡所得に原則20.315%、事業譲渡は会社の譲渡益に法人税等（実効税率で原則約30%前後）がかかる
- 事業譲渡では課税資産（建物・のれん等）の対価に消費税10%が上乗せされ、土地や有価証券は非課税資産となる
- 不動産を含む事業譲渡は不動産取得税・登録免許税も別途発生するため、個別の税額は税理士に相談を
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出典: 国税庁 No.1463 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）／国税庁 No.5759 法人税の税率／国税庁 No.6201 非課税となる取引／東京都主税局 不動産取得税／国税庁 登録免許税の税率の軽減措置に関するお知らせ